Die Frage ist nicht pauschal beantwortbar.
Naja, schlussendlich musst Du nur wissen, wo Deine 2D-Koordinaten liegen. Das lässt sich isometrisch ausrechnen und dann malst Du halt. Die isometrische Darstellung ist am Ende ja zweidimensional und gut.
Ich kann Dir nicht sagen, wie das in Java-Script aussieht.
Um eine Bitmap zu bemalen, ist das - mit den entsprechenden Kenntnissen, die man im Abitur mitbekommen könnte - recht einfach zu lösen. Oder man wirft die Koordinaten und die Perspektive in die Grafikkarte und sagt "mach Du". Das würde ich unter "3d" verstehen. Die rechnet den gleichen Mist aus, aber halt schneller, weil sie dafür optimiert ist.
Am Ende kommen hier also auch 2D-Koordinaten raus, die in eine Bitmap eingefügt werden. Nur schneller.
Also bleibt am Ende die Frage: Was genau sind 3D-Routinen?

Um die 2D-Koordinaten auszurechnen wirst Du die aus 3D-Koordinaten herleiten müssen, also 3D-Mathematik verwenden müssten, also Routinen, die 3D beherrschen.